Die Herseler-Werth-Schule ist in 12 Lerngruppen gegliedert:
jeweils drei Gruppen in jahrgangshomogenen Jahrgangsstufen 1, 2, 3 und 4.

Diese 12 Lerngruppen sind in der Herseler-Werth-Schule in zwei Schulgebäuden untergebracht. Im älteren Hauptgebäude befinden sich 6 Klassenräume (jeweils 3 im Erd- bzw. im 1. Obergeschoss) jeweils mit angegliedertem Gruppenraum. In diesen Räumen ist die Schuleingangstufe untergebracht. Außerdem befinden sich in diesem Gebäude die Räume für die Verwaltung mit Sekretariat und Rektorzimmer, das Lehrerzimmer sowie das Forum.

Im neueren Nebengebäude befinden sich im Mittel- und im Obergeschoss die Klassenräume der Jahrgangsstufen 3 und 4. Im Souterrain liegen der Musikraum sowie der Förderbereich “Lerninsel”.